On observe deux types d'évolution clinique de l'infection chez l'enfant.
La forme sévère, qui intervient d'emblée, concerne moins de 30% des enfants. Elle se traduit principalement par un déficit immunitaire et des problèmes neurologiques (encéphalopathie). Le décès intervient avant l'âge de 3 ans.
La majorité des enfants présente une forme clinique lente, ont une croissance normale, n'ont pas d'infection grave ni d'anomalie biologique. Ils sont cependant suivis régulièrement. Le taux de survie de ces enfants à 5 ans est supérieur à 80%.
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