5(+1) choses que j’emmènerai avec moi sur une île déserte (équipée d’un labo)

J’utilise tous les jours un certain nombre de programmes, pour faire tout ce qu’il est à peu près obligatoire de faire quand on est un scientifique (boire du c@fé ne compte pas). La vraie question est : combien de ces outils me laisseraient vraiment handicapé si on me les enlevait…

J’ai donc décidé de faire une sélection des 5 outils que j’utilise sur une base quasi-quotidienne, et qui me rendent la vie un peu plus facile…

BibDesk

Mon top 1, le premier que je lance le matin en arrivant, et celui que je ferme en dernier le soir. BibDesk est tout simplement le meilleur logiciel de gestion de bibliographie que j’ai rencontré. BibDesk permet de chercher directement des bases de données comme PubMed, Google Scholar, et le Web of Knowledge. Il récupère automatiquement les références, il est open-source, il range les PDF, et on peut l’utiliser avec Pages — en plus de LaTeX, pour lequel il est conçu.

BibDesk propose aussi des outils de recherche efficaces, des dossiers intelligents (qui me permettent, par exemple, de savoir quels papiers j’ai déjà imprimé, lesquels je dois lire rapidement, et ceux pour lesquels je n’ai pas de version PDF. Il indexe le contenu des PDF pour chercher directement dans le corps du texte par la suite. BibDesk se chargera aussi d’envoyer les fichiers PDF par mail si vous avez besoin de le faire…

R

R est le logiciel de… de quoi au fait? On peut lui faire faire à peu près tout ce qu’on imagine. Des statistiques, bien sûr, mais aussi de la phylogénie, de l’analyse de séquences, de la modélisation écologique, et bien d’autres choses encore…

Il y a une communauté importante autour de ce logiciel, et de plus en plus de laboratoire s’y mettent. Trouver de l’aide ne pose pas de problème, et on peut réellement faire des choses complexes. La modularité de R, le fait que les fonctions des différents packages soient cohérentes entre elles, font qu’il est facile de “détourner” l’usage premier, pour faire totalement autre chose — par exemple, récupérer des fonctions d’un package de phylogénie pour faire des analyses sur de la morphométrie…

R a des capacités graphiques impressionnantes — même si il manque un bon guide francophone sur le sujet, mais ça va venir… — et peut exporter dans des formats éditables par de nombreux outils (notamment en PDF, qu’on peut ouvrir avec des logiciels de dessin vectoriel).

QuickSilver

Quicksilver a changé ma façon de voir les choses. Vraiment. Depuis que je l’ai installé, j’ai laissé tombé le Dock et Spotlight. En appuyant sur Ctrl-Espace, et en tapant les premières lettres du nom d’une application, ou autre chose, ce petit programme me propose différentes actions (lancement, ouverture du document, etc).

Le gain de temps peut ne pas sembler évident, et pourtant, une fois qu’on a pris le coup, on se retrouve à ne plus utiliser — ou très peu — la souris. Je suis un fan absolu du ‘tout au clavier’, ce qui explique sans doute mon attrait pour Quicksilver.

Quand on switche entre plusieurs programmes, notamment pour faire de la phylogénie (SeaView pour les séquences, ClustalX, TextWrangler pour mettre en forme, PAUP pour les analyses, etc), l’intérêt de ce tout petit programme devient vite évident.

TeXshop + TexLive

Texshop est un éditeur pour LaTeX particulièrement puissant. La fonction qui m’a fait l’adopter de manière définitive est sans doute la synchronisation entre le PDF produit et le document source. En cliquant à un endroit du PDF, vous pouvez surligner les mots correspondants dans le document source, et inversement. Ca devient une killer feature dès que vous corrigez un document long à partir de tirages papier, croyez moi…

On peut facilement définir des macros, il propose par défaut des templates réutilisables, et beaucoup d’autres petites fonctions qui le rendent vraiment utile quand on travaille beaucoup avec LaTeX. Sans compter qu’il démarre vraiment rapidement…

TeXshop intègre aussi une palette LaTeX conséquente, et quand on à la flemme de retenir les codes pour les symboles mathématiques, les flèches, les matrices, c’est rassurant de savoir qu’on à tout à portée de clic.

MobileMe

Here we are, à la fin du Top 5, avec un outil que j’ai découvert cet été : MobileMe. Je l’utilise principalement pour la fonction de synchronisation des notes de Mail.App, le logiciel de Mail d’Apple, et surtout en tant que disque réseau : mes documents sont mis à jour de manière quasi-continuer avec la version sur le serveur, ce qui me permet de travailler sans redouter le plantage, et d’avoir accès à mes fichiers même quand je ne suis pas à côté de mon portable.

Les fonctions de partage de l’iDisk permettent aussi de partager de gros fichiers avec d’autres personnes, plus facilement que par mail. Apple fournit aussi un espace de stockage web, qui peut servir à héberger une page perso. MobileMe permet de synchroniser l’agenda, les contacts, etc, et fournit un webmail assez intuitif — que je n’utilise pas…

Moleskine!

Sans aucun doute ce que j’utilise le plus souvent. Le légendaire petit carnet noir avec son marque page et le rabat dans la couverture. Qui tient, on dirait que c’est fait exprès, parfaitement dans une poche. De quoi prendre des notes sur les papiers quand on est dans le train/bus/tram, noter des idées en vrac, préparer un design expérimental, ou écrire des hypothèses.

Je l’utilise pour faire une liste des questions à aborder quand je vois quelqu’un, pour noter mon workflow dans les dernières pages, et pour, de manière générale, noter ce à quoi je pense quand je prétend que ça puisse avoir de l’importance plus tard (en général après le moment ou je l’aurais oublié). C’est probablement à ce petit carnet (et à ses semblables rangés dans une étagère) que je dois le plus, sur leurs pages que j’ai le plus avancé dans ma réflexion. Voilà l’objet que je donnerai aux étudiants si j’avais à choisir…

Et vous?

Voilà ma liste, mon kit de survie en milieu laboratin. Quelle est la votre? Quels sont les logiciels/outils que vous utilisez pour vous simplifier la vie, ou pour éviter de perdre du temps?