Purement technique d'un nouveau moteur est un quatre-cylindres en ligne 998 cm3 de refroidissement par liquide, et de quatre soupapes par cylindre et, surtout, avec un vilebrequin à 90 degrés avec une foule de variables (270 °, 180 °, 90 °, 180 °) Au moment de la Yamaha M1 MotoGP de Valentino Rossi!
Le grand avantage est de plus de couple à bas régime comme un cylindre et plus de pouvoir à la tête comme un 4-cylindres traditionnel.
La Mapping-D-mode dispose de trois modes: le mode par défaut, le mode A et B-mode, activé par un bouton au guidon. Mode par défaut est associé à produire des performances, en cours de fonctionnement en mode offre une réponse de l'autoroute incisively et B, une réaction plus souple sur les créances de l'épuration des fumées.
Châssis-page, il ya un changement de la forme et de dimensions et de rigidité, de sorte que pour une meilleure stabilité à grande vitesse.
Histoire de gagner quelques kilos, la Yamaha R1 2009 a une boucle arrière de cadre en magnésium et un bras modifié.
Il a été également un nouveau tableau de bord, avec un indicateur de rapport et a demandé à un indicateur, comme le moteur.