[EMOP-X] Le barcoding arrive trop tard

Le principal problème qu’on rencontre au moment de la collecte d’un individu est souvent celui de l’identification. Utiliser l’ADN pour résoudre ce problème semble une approche prometteuse, et c’est ce constat qui a lancé le mouvent barcoding. Pour ceux d’entre vous qui ne savent pas ce dont il s’agit, une rapide introduction.

Le barcoding consiste a coller un tag génétique sur une espèce, en utilisant un fragment de quelques 600 paires de bases du gène mitochondrial Cox 1 (COI), qui possède l’avantage d’être hypervariable (tout en étant codant, donc soumis à une pression évolutive).

On compile ensuite ces séquences dans des bases de données, et quand on trouve un nouvel échantillon, il suffit d’extraire de l’ADN, de lancer une PCR, de trouver la séquence, et on arrive a identifier de quelle espèce il s’agit. Ca présente un avantage conséquent sur la méthode traditionnelle, qui se déroule en deux temps. Pour commencer, une identification grossière a un niveau taxonomique important (par exemple, la famille, dans le meilleur des cas le genre); par la suite, on appelle un expert qui est capable de donner un diagnostic au niveau de l’espèce.

Voila l’avantage du barcoding. Si vous essayez de penser à ce qui doit être accompli avant, vous allez en arriver au principal point de ce billet; il est trop tard pour faire du barcoding.

Comme vous l’aurez remarqué, le barcoding consiste a prendre une espèce que l’on connaît, et a obtenir son barcode, c’est à dire la partie du gène COI qui nous intéresse. Le prérequis est donc… une connaissance de la taxonomie! Autrement dit, il faut nécessairement, afin que le barcoding aie la moindre chance de fonctionner, qu’on archive la connaissance des systématiciens — qui, comme il a été dit lors du symposium à ce sujet, ne sont “plus tout jeunes”.

Autrement dit, on est maintenant tout à fait capables de collecter les étiquettes, mais on ne sait pas nécessairement sur quoi les coller. Et, croyez le ou non, la masse d’informations qui est dans la tête des systématiciens est impressionnante. On se lance donc un peu tard dans une vaste opération d’archivage…

Le barcoding me fait l’effet d’un pansement sur une fracture ouverte… Il y a de l’idée, mais on ne va jamais s’en sortir. Et encore, ce n’est que si on considère que la méthode actuelle, qui consiste à utiliser un petit bout de gène, est suffisamment résolutive. Puisqu’on ne parle pas, évidemment, d’utiliser d’autres gènes, nucléaires par exemple…

La solution qui me plaît beaucoup (et qui n’est pas de moi), c’est de créer des instituts qui regrouperaient ceux qui ont la connaissance systématique sur différents groupes, par région (Europe, Afrique, …). De cette façon, on pourrait avoir au même endroit ceux q

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