Au lendemain de la guerre de Sécession, au Texas, les guerres indiennes opposant colons européens puis les gouvernements des États-Unis et du Canada aux peuples nord-amérindiens, font rage. Les massacres s'enchainent dans les deux camps, par représailles, les fermes sont attaquées, pillées, les plus âgés tués et scalpés et les plus jeunes enlevés. C'est cette scène de désolation que découvrent Amos et son neveu Martin de retour d'une expédition contre des voleurs de bétail. Les Comanches ont massacré tout le monde, sauf la petite Debbie et sa sœur Lucy, qu'ils ont enlevées. Les deux hommes partent alors dans une traque sans relâche qui durera plusieurs années pour retrouver les fillettes : "exploit d'endurance, épopée nourrie d'espoir sans illusion, de bravoure sans attente de récompense, d'obstination dépassant les limites de la raison.""Ils continuaient seulement sur leur lancée, jour après jour, parce qu'il y avait toujours un nouvel endroit où aller, où suivre une fois de plus une piste vaguement prometteuse." p 225
Avant de prendre partie pour un camp ou un autre, ce western montre avant tout l'escalade de la violence qui reste sans fin dans ce conflit. Amos, plein de ressentiment est prêt à laisser éclater sa colère pour se venger froidement, parlant même de scalper lui aussi ses ennemis, alors que Martin est plus mesuré, plus humain, peut-être plus idéaliste aussi. Le fin tout en nuances offrira une belle alternative à cette guerre.
Le roman est inspirée d'une histoire vraie, celle de Cynthia Ann Parker, enlevée en 1836 au Texas.
La prisonnière du désert est devenu un film culte de John Ford, avec John Wayne au sommet de sa gloire, l'un des plus grands westerns du XXè siècle !