Les intrigues se poursuivront néanmoins à travers un téléfilm de deux heures qui sera diffusé sur la chaîne en 2009 et qui sera distribué en DVD par MGM. Ce long-métrage sera écrit par les producteurs exécutifs Joseph Mallozzi et Paul Mullie.
A l’instar de Stargate-SG1, la série dont elle découle, Stargate Atlantis devrait perdurer sous la forme de téléfilms. La fin d’Atlantis pourrait permettre à une troisième série de la franchise de voir le jour.
Stargate Atlantis est diffusée sur Sci Fi Channel depuis juillet 2004.