MALADIE du LÉGIONNAIRE : Le microbiome des voies respiratoires régule sa sévérité

Comment le microbiome des voies respiratoires influence la gravité de la pneumonie bactérienne, c’est le décryptage proposé par cette équipe de l’Institut Pasteur et du CNRS. La recherche, publiée dans les Cell Reports Medicine confime l’importance des interactions entre bactéries, archées et champignons pour ce rôle régulateur -ou parfois aggravant- du microbiome des voies respiratoires.

La pneumonie est une infection des alvéoles pulmonaires causée par des bactéries, des virus ou des champignons. C’est l’une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde. Le microbiome des voies respiratoires, comme d’autres microbiomes, intéresse les scientifiques car il contribue à la santé humaine en stimulant le système immunitaire et en protégeant l’hôte contre les infections par des agents pathogènes. L’équipe française décrypte ici l’impact du microbiome des voies respiratoires sur la gravité de la pneumonie bactérienne causée par Legionella pneumophila.

L. pneumophila est responsable d’une pneumonie grave, la « maladie du légionnaire »,

une infection qui peut être contractée par l’inhalation d’aérosols contaminés provenant de sources d’eau artificielles telles que des douches, des spas ou des systèmes de climatisation. Le taux de mortalité de la légionellose varie de 5 à 40 % selon le contexte clinique et la région. Les facteurs de risque sont la vieillesse, les affections pulmonaires préexistantes, le tabagisme et l’immunosuppression, et environ les deux tiers des cas signalés surviennent chez des hommes. Les cas confirmés de légionellose dans l’Union européenne sont passés de 4.693 cas en 2005 à 10.004 cas en 2021, soit une augmentation de 113 %. Le changement climatique pourrait être en cause dans cette augmentation.

L’étude a analysé la diversité et la composition du microbiome des voies respiratoires (bactéries, archées, champignons et protozoaires) chez 38 patients atteints de pneumonie causée par Legionella pneumophila pendant toute leur période d’hospitalisation. L’équipe a combiné le séquençage à haut débit de gènes marqueurs bactériens, archéens et fongiques avec une approche de quantification afin de caractériser le microbiome des voies respiratoires chez les participants. Ces analyses révèlent :

• une dynamique complexe du microbiome, où coexistent des micro-organismes commensaux et pathogènes : ainsi, au début de l’hospitalisation, la diversité du microbiome se réduit et que l’agent pathogène L. pneumophila est éliminé par le traitement antibiotique ; cependant, les pathogènes sont rapidement remplacés par d’autres espèces opportunistes, souvent résistantes aux antimicrobiens ;
• l’équilibre entre ces communautés mène soit à la récupération soit à la dysbiose ;
• les microbiomes des voies respiratoires présentant les charges bactériennes et fongiques les plus élevées sont aussi ceux les moins diversifiés, ce qui suggère qu’une biomasse élevée pourrait être un biomarqueur du risque d’infections secondaires ;
• la biomasse de Legionella est en corrélation avec la gravité de la maladie et les comorbidités, ce qui confirme que la quantification des agents pathogènes devrait être incluse dans la surveillance des patients.

Ainsi, sans surprise, le microbiome des voies respiratoires joue son rôle de défense ou d’aggravation de l’infection respiratoire, ici de la pneumonie bactérienne. Les interventions cliniques telles que la ventilation mécanique ou l’administration de certains types d’antibiotiques qui influencent la composition du microbiome, influencent donc et naturellement, l’évolution de la maladie.

Source: Cell Reports Medicine 25 Aug, 2023 DOI: 10.1016/j.xcrm.2023.101167 The respiratory tract microbiome, the pathogen load, and clinical interventions define severity of bacterial pneumonia

Équipe de rédaction SantélogOct 12, 2023Équipe de rédaction Santélog